Cerita ini berpusat pada Akihisa Yoshii, ‘baka’ dari judul cerita yang membagi kelas-kelas di sekolahnya berdasarkan hasil tes. Yang paling pintar di kelas A yang dilengkapi dengan fasilitas yang lengkap(AC) dan yang paling bodoh di kelas F,dengan meja bobrok dan segala fasilitas yang serba kekurangan.Seorang gadis bernama Mizuki Himeji sebenarnya salah satu gadis terpandai,tapi dia demam pada hari tes dan terpaksa masuk ke kelas F. Selain Mizuki(yang diam-diam dicintai Akihisa), kelas F juga memiliki Yuuji Sakamoto, presidenkelas yang bersahabat dengan Akihisa dan mitra kejahatannya pastinya.